പരശുരാമ പാദസ്പര്ശം കൊണ്ട് പുണ്യ ഭൂമി എന്ന് പുകള് പെറ്റ ഈ ദേവീ സങ്കേതം പിന്നീട് ആചാര്യന്മാരുടെ കര്മ്മലോപവും ഭക്തജനങ്ങളുടെ അശ്രദ്ധയും മൂലം ജീര്ണാവസ്ഥയിലായതിനാലാണ് ഈ പ്രദേശം നാശോന്മുഖമായത്. ക്ഷേത്ര ശരീരത്തിന് ജീര്ണ്ണത വന്നാലും ചൈതന്യത്തിന് യാതൊരു ലോപവും സംഭവിക്കില്ലെന്ന ഋഷീശ്വര വചനം സാര്ത്ഥകമാക്കിക്കൊണ്ട് ഭക്തജനങ്ങള് ഉണരുകയും ക്ഷേത്ര നവീകരണ പ്രവര്ത്തനങ്ങള് ആരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. 1996 ഫെബ്രുവരി 18 ന് ആല്തറയിലെ കൽവിളക്കില് ദീപം പകര്ന്നു വിളിച്ചു ചൊല്ലി പ്രാര്ത്ഥിച്ച് പുന:രുദ്ധാരണ പ്രവര്ത്തനങ്ങള്ക്ക് നാന്ദി കുറിച്ചു. അടിയേരി താവഴിയില് അവകാശികള് ഇല്ലാത്തതിനാല് കോട്ടയം രാജവശം അധികാരപ്പെടുത്തിയ പ്രകാരവും ദേവഹിതമനുസരിച്ചും അടുത്ത സമ്പ്രദായമായ പുല്ലഞ്ചേരി ഇല്ലത്തെ ആചാര്യ സ്ഥാനത്ത് നിശ്ചയിച്ച് ആചാര്യവരണം നടത്തി അധികാരപ്പെടുത്തുകയുണ്ടായി .
നാലുകെട്ടും നടുമുറ്റവും എന്നതാണ് അടിയേരിമഠത്തിന്റെ നിര്മാണ രീതി. മനുഷ്യാലയ സമ്പ്രദായത്തില് ഉപാസനാ മുര്ത്തികളെ പ്രതിഷ്ഠിച്ച് ആരാധിച്ചു വരുന്ന പൂര്വിക രീതിയില് നിന്ന് വ്യതിചലിക്കാതെ അതേ സ്ഥാനത്തു തന്നെ നാലുകെട്ട് നിര്മിച്ച് അതിന്റെ കിഴക്കിനിയില് രണ്ടു ശ്രീകോവിലുകളിലുമായി ദേവതകളെ പ്രതിഷ്ഠിച്ച് ആരാധിക്കണമെന്നുള്ള നിശ്ചയപ്രകാരം പ്രശസ്ത ക്ഷേത്ര ഗണിത വിദഗ്ധനായ ശ്രീ കാണിപ്പയ്യൂര് കൃഷ്ണന് നമ്പൂതിരിപ്പടിന്റെ മേല്നോട്ടത്തില് കിഴക്കിനിയിലുള്ള രണ്ടു ശ്രീകോവില്, ഉപദേവതകള്ക്കുള്ള സ്ഥാനങ്ങള് എന്നിവ പുനര്നിര്മ്മിക്കുകയും 2000 മാര്ച്ച് 22 (1175 മീനം 8) ന് ആചാര്യൻ ബ്രഹ്മശ്രീ പുല്ലഞ്ചേരി ഇല്ലത്ത് വിഷ്ണു നമ്പുതിരിപ്പാടിന്റെ മുഖ്യ കാര്മികത്വത്തില് പുന:പ്രതിഷ്ഠാ കര്മ്മം നടത്തുകയും ചെയ്തു.
തുടർന്ന് പൂജാദി കർമ്മങ്ങൾ നടന്നു വരവെ പൂർവ്വിക രീതിയിൽ നാലുകെട്ടായി അടിയേരിമഠം പുനർനിമ്മിക്കാൻ തീരുമാനിക്കുകയും പ്രശസ്ത തച്ചുശാസ്ത്ര വിദഗ്ദൻ ശ്രീ വേഴപ്പറമ്പ് ബ്രഹ്മദത്തൻ നമ്പൂതിരിപ്പാട് അവർകളുടെ മേൽനോട്ടത്തിൽ 2018 ൽ നിർമ്മാണം ആരംഭിച്ച് പൂർവ്വിക സ്ഥാനത്തു തന്നെ നാലുകെട്ട് നിർമ്മിച്ച് 2024 മാർച്ച് 22 (1199 മീനം 8) ന് ആചാര്യൻ ബ്രഹ്മശ്രീ പുല്ലഞ്ചേരി ഇല്ലത്ത് വിഷ്ണുനമ്പൂതിരിപ്പാട് അവർകളുടെ മുഖ്യകാർമ്മികത്വത്തിൽ പ്രവേശന കർമ്മവും പുന:പ്രതിഷ്ഠയും നടത്തുകയുണ്ടായി.
കിഴക്ക് ദര്ശനമായുള്ള മoത്തോടനുബന്ധിച്ച് മറ്റു പ്രാകാരങ്ങളും പടിഞ്ഞാറ് മേലെ സ്ഥാനത്ത് തെയ്യസ്ഥാനവും കാവും, കിഴക്ക് താഴെ സ്ഥാനത്ത് പഴമ വിളിച്ചോതുന്ന മനോഹരമായ കുളവും സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു.
അഞ്ചാം പുര, മണ്ഡപങ്ങൾ, നടപ്പുര, ചുറ്റുമതിൽ തുടങ്ങിയ അനുബന്ധ പ്രാകാരങ്ങളുടെയും നിർമ്മാണങ്ങൾ കൂടി പൂർത്തിയാക്കാനുണ്ട്.